Вы смотрели на этот ресурс ? Вы можете дважды проверить, что у вас есть определенный libmysql.dll (5.2.1), который не подвержен этому влиянию, а также дважды проверить, что у вас нет никаких ложных библиотек mysql, лежащих вокруг, которые вместо этого может собирать PHP. Или переключитесь с FastCGI, если это вариант для вас.
Ради интереса, ошибка выглядит лучше всего здесь . Общая идея проблемы (из ссылки на ошибку mysql) выглядит так:
Whenever a new thread is created libmysql is told about that by Windows. It then
increases a thread counter and initializes some data. When libmysql is being unloaded
it checks whether all threads have finished, if not it tries to tell them "close now"
and gives them 5 seconds for that. In general this works in a nice way.