Была разница для первой версии MonoDevelop. Они использовали свой собственный формат файла * .mds. Вы можете посмотреть подробности в исходном коде MonoDevelop. Но, насколько мне известно, этот формат файла (а также .mdp, .mdw) не предназначен для использования с MonoDevelop 2+. Формат решения по умолчанию для новейшей версии MonoDevelop идентичен (насколько мне известно) VisualStudio. Буду признателен, если кто-то исправит меня, если я ошибаюсь =)