У меня больше нет IE6, но, судя по источнику, ответит jQuery. Возможно, вам лучше не пытаться быть таким модным в IE6 и просто сосредоточиться на предоставлении им информации. В любом случае, это умирающий браузер.
<!--[if lte IE 6]>
<script type="text/javascript" src="/assets/js/supersleight-min.js"></script>
<script type="text/javascript">
$(document).ready(function(){
$('#logo, #midfooter').supersleight();
});
</script>
<![endif]-->
Это. Вы действительно нуждаетесь в этом? Если подумать, может быть, вам это нужно, но попробуйте удалить его, чтобы увидеть, если это виновник. Если есть другие скрипты, которые решают проблему прозрачности, вам может повезти больше.