С Glassfish v3 и Quercus 4 установка проста как
1) войти в веб-консоль GF (при значениях по умолчанию это http://[yourdomain]:4848/)
2) перейдите в меню «Приложения» и нажмите кнопку «Развернуть»
3) загрузить файл quercus.war и установить имя приложения и контекстное имя в 'quercus'
4) нажмите ОК и подождите
Вот и все. Теперь вы должны увидеть Quercus в списке приложений.
Чтобы проверить, откройте http://[yourdomain]:8080/quercus/ - вы должны увидеть тестовую страницу Caucho.