Если вы ищете бесплатное решение с открытым исходным кодом, я настоятельно рекомендую QGIS или uDIG или OpenJump или MapWindows. Вы можете делать все необходимые манипуляции с шейп-файлами в этих пакетах, все они являются программным обеспечением ГИС.
Мне жаль, что я не могу сделать это в R, и я не уверен, что доверю результату - лучше использовать молоток для гвоздя, чем отвертку.
Если вы хотите программно изменить шейп-файлы, дайте мне знать, и я порекомендую несколько библиотек python и java.