Я бы избегал showModalDialog только потому, что на каком-то этапе в будущем IE6 будет обесцениваться, и вам придется вернуться и все исправить. Я знаю, что некоторые крупные организации работают медленно, но вы думаете, что они все еще будут использовать IE6 через 2 или 3 года?
С другой стороны, если это консалтинговый концерт, сделайте это таким образом, а затем через 3 года снова поручите им его починить.