Я использую это, чтобы удалить конкретное сообщение из почтового ящика SMS:
//Delete entire SMS thread.
getContext().getContentResolver().delete(
Uri.parse("content://sms/conversations/" + threadID),
null,
null);
//Delete single message.
getContext().getContentResolver().delete(
Uri.parse("content://sms/" + messageID),
null,
null);
Это работает для меня, имея действительный идентификатор потока или идентификатор сообщения.