Возможно, вы захотите использовать WSE 2.0 SP3 вместо SP2. Вот почему: если вы заботитесь о (или оплачиваете) службы поддержки Microsoft для своего приложения, тогда SP3 поддерживается в рамках .NET 2.0. Я думаю, что были некоторые несовместимости между SP2 и SP3, но главное, что Microsoft специально заявляет, что SP3 поддерживается на платформе .NET 2.0. См. Документацию WSE 2.0 с пакетом обновления 2 и обратите внимание, что в нем не говорится, что поддерживается .NET 2.0.
Похоже, вы хотите преобразовать / переписать свое приложение в .NET 3.5 framework. И .NET 2.0, и .NET 3.5 работают под одним и тем же CLR 2.0 (да, это очень запутанно: большое спасибо за маркетинг MS!), Так что вы, вероятно, в порядке, выполняя WSE 2.0 SP3 с приложением .NET 3.5. Но опять же, это не поддерживаемая конфигурация.