Вы могли бы:
Применение разрешений к папкам домена, которые разрешают доступ пользователям, не входящим в домен (т. Е. Всем).
Войдите в систему с учетной записью домена, у которой есть разрешения, и запустите приложение winform.
Измените код FileSystemWatcher на службу Windows и запустите его под учетной записью domian с достаточными разрешениями.
Олицетворение учетной записи домена в существующем коде, есть несколько хороших решений для проекта кода.