Функциональность для управления размером результатов поиска и искажением больших результатов поиска была значительно улучшена в более поздних версиях Lucene. Если у вас есть возможность, рассмотрите возможность обновления до 2.9 или даже 3.0.
При этом я не могу по вашему сообщению определить, как именно вы получили результаты поиска. Возможно, вы используете объект Hits ? В этом случае вам следует рассмотреть возможность использования TopDocCollector . Конструктор TopDocCollector (int) позволяет указать максимальное количество попаданий, которое вы хотели бы получить в результате поиска.