Не полный ответ, но Eclipse имеет C / C ++ IDE функциональность
Вот некоторая информация (хотя она выглядит немного устаревшей): Информация об интеграции CDT / JDT
Информация о создании JNI-кода внутри Eclipse (см. Самый последний пост)
Похоже, что интегрированная отладка вполне подойдет для возможностей Eclipse, но, очевидно, это не очень важно.
ОК - все это говорит о том, что у меня есть воспоминания о том, как отладчик Visual C ++ мог работать с Java-приложением, которое выполняло вызовы JNI ... Это было какое-то время, но я почти уверен, что вы можете подключить отладчик C ++ к работающее приложение Java, использующее pid. Затем установите точку останова и покачайтесь (очевидно, вам придется скомпилировать библиотеку JNI как модуль отладки).
Это был не полностью интегрированный опыт, но он был довольно эффективным. Однако я пытаюсь написать свой код JNI в виде тонких оболочек для собственных вызовов, поэтому я трачу очень мало времени на отладку своих вызовов JNI.