да, это не проблема, сначала ./configure и build php используя:
--with-apache=../path/to/apache-2
затем ./configure apache с помощью:
--activate-module=src/modules/php5/libmodphp5.a \
С http://php.net/manual/en/configure.about.php:
--with-apache[=DIR]
Build a static Apache module. DIR is the top-level Apache build
directory, defaults to /usr/local/apache.