Вы можете передать список файлов JS в mongo оболочку JavaScript, и они будут выполнены:
$ echo "print('hello');" > test.js
$ ./mongo test.js
MongoDB shell version: 1.3.2-
url: test
connecting to: test
hello
Вы можете использовать обычные mongo аргументы командной строки, если вам нужно указать конкретную базу данных, имя пользователя или пароль, как вы делали в приведенном выше примере.