Просто возьмите insert_id сразу после выполнения запросов ...
$this->db->insert('table1', $data);
$insert_id1 = $this->db->insert_id();
$this->db->insert('table2', $data);
$insert_id2 = $this->db->insert_id();
$this->db->insert('table3', $data);
$insert_id3 = $this->db->insert_id();
Это самый простой способ сделать это.