Одна вещь, которую вы можете попробовать, - это запись всех вызовов require_once в браузер, например, FirePHP - если вы не хотите изменять все вызовы функций с require_once на другой, вы можете переопределяет исходную функцию , используя основной код, и включает туда вызов FB :: log, чтобы вы видели каждый раз, когда файл включался, и откуда он был включен.
Используя eclipse, вы можете покопаться прямо в исходном коде для PHP и посмотреть, что делают все функции, если я правильно помню. Где-то должна быть копия в Интернете, но быстрый поиск не нашел ее - надеюсь, кто-то оставит комментарий со ссылкой!