Если ваша подпись не та, что вам нужна, вам сначала нужно распаковать банку.
Примерно так (предположим, unix, в противном случае перевести на dos):
jar xvf JarName.jar
rm -rf META-INF
jar cvf JarName.jar *
Теперь вам нужно запустить jarsigner, чтобы подписать банку
jarsigner -keystore /yourkeystoredirectory/mystore -storepass yourpass
-keypass yourkeypasswd JarName.jar keyname
Если у вас нет хранилища ключей, вы можете создать его с помощью keytool.