Я думаю, что даже с "обычными" (не JNI) сервисами OSGi не остановит обработку, которая уже выполняется. Фактически, если пакет каким-то образом сохраняет ссылку на экземпляр службы после того, как он был незарегистрирован (что он не должен делать), он все равно может вызывать методы для этого объекта (будут ли они работать или нет, полностью зависит от реализация услуги).
В службах OSGi "волшебства" не происходит. Жизненный цикл пакета просто контролирует то, что регистрируется и незарегистрируется в реестре сервисов. Если у вас есть ссылка на реализацию службы, это просто старые вызовы методов Java.
Итак, чтобы ответить на ваш вопрос, если пакет (или служба) сам не выполнит какие-либо действия для прекращения текущей деятельности, длительный вызов завершится.