Я должен был сделать то же самое сегодня утром. Вот что сработало для меня:
Я слился из своей ветви в транк, используя опцию «Объединить из ряда ревизий». Я выбрал каждую ревизию, которую имела моя ветка. В моем случае было минимальное количество файлов с фактическими конфликтами, которые я исправил через редактор конфликтов. У большинства файлов и папок были конфликты деревьев. Я смог исправить их, просто разрешив каждый конфликт по отдельности, используя «локальную копию» (транк).