Официальная Java 6 для Mac имеет только 64-битную модель данных. К сожалению, Eclipse использует Carbon на Mac, который доступен только в 32 битах. Короче говоря, невозможно запустить Eclipse с официальным дистрибутивом Java 6.
Классическое решение этой проблемы - установить виртуальную машину по умолчанию на Java 5, а затем выбрать Java 6 в качестве JRE / JDK в Eclipse.
Если вам действительно нужно запустить Eclipse с Java 6, вы можете взглянуть на SoyLatte , который является сборкой OpenJDK, которая поддерживает 32- и 64-битные режимы.