Что это значит только через ваше приложение? В отличие от измененного с прямым доступом к базе данных?
Если это так, то это тривиально - никому не распространяйте пароль базы данных.
Если вам нужно предоставить доступ к другим приложениям, создайте для этой цели отдельных пользователей / ролей.
Что касается django - он обеспечивает другой уровень безопасности, как описано здесь , и вы можете расширить его, если он не соответствует вашему счету.