Сиддан, рад видеть, что вы нашли разрешение (хотя и не идеальное). У меня был тот же вопрос, что и у вас, и я наконец решил использовать IIS для размещения службы и подключил свои собственные классы Ioc (которые находятся в моей библиотеке служб WCF), используя serviceHostingEnvironment в моем файле web.config. Что-то вроде этого:
<serviceHostingEnvironment multipleSiteBindingsEnabled="true">
<serviceActivations>
<add relativeAddress="./Service1.svc" service="WcfServiceLibrary1.Service1"
factory="WcfServiceLibrary1.IocServiceHostFactory, WcfServiceLibrary1, Version=1.0.0.0, Culture=neutral, PublicKeyToken=null" />
</serviceActivations>
</serviceHostingEnvironment>
"./ Service1.svc" - это мое местоположение службы без файлов, где WcfServiceLibrary1.Service1 - конкретный имп. Я наткнулся на несколько камней преткновения, но в конце концов сумел инкапсулировать Ioc из библиотеки служб WCF.
Это сообщение в блоге было очень полезным и содержит несколько полезных советов.