Необходимо подтвердить, что существует в файле web.config на самом веб-сервисе, чтобы подтвердить свои 20 минут.
Экземпляр класса прокси службы в вашем консольном приложении также должен быть установлен. Существует свойство Timeout для установки (в миллисекундах), поэтому вы должны сделать что-то вроде этого:
MyServiceClass myService = new MyServiceClass ();
myService.Timeout = 1200000;