Вы можете сделать что-то вроде этого:
mkdir cakephp
cd cakephp
git clone git://github.com/cakephp/cakephp1x.git master
cd master
git checkout -t origin/1.2
git checkout -t origin/1.3
cd ..
git clone master 1.2
git clone master 1.3
cd 1.2
git checkout -t origin/1.2
Две локальные git clone
операции будут очень быстрыми, поскольку они будут использовать жесткие ссылки для обмена большей частью данных репозитория.