Хм, как правило, вы хотите избежать дубликатов "нейтральных" файлов, и вам никогда не следует переводить файлы с реальной логикой в них (если, конечно, сама логика не зависит от языка).
Вы можете легко поместить инвариантные файлы CSS и JS в отдельный каталог верхнего уровня как в дереве исходных текстов, так и на сервере, так что это не должно быть слишком большой проблемой.
Нет хитрого SVN-трюка, который вы можете использовать, чтобы избежать необходимости изменять все HTML-файлы, но разве вам не придется обновлять переводы для этого?