RSS или Atom feed с информацией об обновлении. Wordpress делает нечто подобное. Затем вы можете локально сохранять информацию, какие обновления были показаны пользователю и т. Д.
Для еще более простого решения, на сайте проекта есть файл, который будет содержать только номер версии. Затем сравните его с номером версии, хранящимся в вашей программе, вероятно, в константе.