Целью мер сложности, таких как цикломатика, является измерение структуры программы, так как она влияет на способность программиста понимать кодовую базу; например поддерживать это. Поскольку программисты просматривают код на исходном уровне, меры по сложности исходного кода - это то, что действительно имеет значение.
Если показатели, которые вы получаете, анализируя файлы байт-кода, отличаются от обычных показателей исходного кода, они бесполезны, и вам следует отказаться от этой идеи.
(Меня не удивит, что показатели CC из файлов байт-кода отличаются. С одной стороны, компилятор может реорганизовать код, чтобы он выглядел проще, например, путем развертывания циклов. С другой стороны, компилятору может генерировать сложные выглядящие последовательности байт-кодов для простых языковых конструкций просто из-за ограничений в выражении байт-кодов.)