Вы обычно компилируете программы на C, используя компилятор на сервере, часто компилятор gnu.
Если вы используете компилятор, тогда
gcc -o <name_of_output_file>.cgi <name_of_source_file>
Какое бы имя вы ни назвали, вам нужно дать ему расширение .cgi
Все, что вам нужно сделать, это переместить его в папку cgi-bin, не забудьте установить права доступа к программе, обычно для cgi, которую вы используете 755;
chmod 755 <name_of_file>
Вот как я делаю это для C, C # я думаю, то же самое.