Мне не известен вариант YourKit для этого (что не означает, что его нет), но - это опция удаленной отладки Java для этого.
Попробуйте добавить в командную строку следующее, в дополнение к параметрам агента YourKit:
-Xrunjdwp:transport=dt_socket,address=8000,server=y,suspend=y
Это должно привести к тому, что виртуальная машина приостанавливается при запуске, ожидая подключения отладчика через порт 8000. Сам по себе YourKit не является отладчиком, а IDE, например Eclipse или Netbean, будет выполнять эту работу, как базовая jdb командная строка.
Запустите команду, указав обе опции, подключите YourKit, а затем используйте отладчик для подключения к порту отладки, что заставит виртуальную машину продолжить выполнение, позволяя YourKit получить необходимые данные.
Было бы лучше сделать все это с помощью YourKit, но я не знаю, как это сделать.