Если все функции, которые вы использовали, поддерживаются в режиме моно, вы должны это сделать.
Проверьте вашу заявку с помощью MOMA (Mono Migration Analyzer), чтобы быть уверенным.
Отличие от Windows в том, что вы не можете просто вызвать исполняемый файл - вам нужно вызвать mono executablename.exe.