Разве вы не читали пример (содержащийся в dist) и документы о gvoc, genhtml и т. Д. Описано, что вы можете анализировать столько файлов, сколько хотите (--zerocounters только для первого) затем используйте тот же самый файл анализа для других. Таким образом, результатом будет охват всех файлов.
РЕДАКТИРОВАТЬ: Вы читали README на веб-сайте