Вы можете использовать этот метод для регистрации CSS-файла в WebPart
Microsoft.SharePoint.WebControls.CssRegistration.Register("/.../mystyles.css")
или вы можете добавить файл css в заполнитель содержимого с идентификатором "PlaceHolderAdditionalPageHead", который присутствует на главной странице, например:
var placeholder= Page.FindControl("PlaceHolderAdditionalPageHead");
var cssLink = new Literal();
cssLink.Text = "text";
placeholder.Controls.Add(cssLink);