Когда NDK был выпущен, частью концепции было обеспечение поддержки нескольких двоичных файлов для разных архитектур. AFAIK, это не доступно сегодня, поэтому мы должны надеяться, что оно станет доступным в не слишком отдаленном будущем.
MonoDroid, похоже, зависит от NDK, поэтому он также будет ограничен, пока не будет готова поддержка нескольких архитектур NDK.