Вы должны знать, что Javascript и PHP работают на двух разных серверах. Поэтому они не могут общаться напрямую.
У вас будет два основных варианта:
POST значение
Создайте форму с действием post, отправьте форму, и вы сможете получить доступ к значению в PHP с помощью массива $_POST
Недостатком является то, что браузер покидает страницу для отправки формы, но для этого не требуется JavaScript.
Использовать AJAX
Получите значение в Javascript, сделайте XMLHTTPRequest на сервере, и вы также сможете получить доступ к переменной через $_GET
или $_POST
, в зависимости от того, как вы отправили значение.