Поскольку этот поддомен будет отображаться в каталог, в любом случае не нужно добавлять какой-либо пользовательский код вообще, это именно то, для чего нужны маршруты в Kohana 3.
поддомен: admin.site.com
отображается в каталог: ~ / public_html / admin /
контроллер: Controller_Adminsite
каталог контроллера: ~ / application / classes / controller / adminsite.php
маршрут для bootstrap.php:
Route::set('admin', 'admin(/<action>(/<id>))')
->defaults(array(
'controller' => 'adminsite',
'action' => 'run',
));