Если ваша таблица соединения имеет составной ключ на обоих внешних ключах, то разработчик Entity Framework в VS2008 / 2010 должен воспользоваться этим.
SQL:
CREATE TABLE MyTable
(
ColumnFK1 int,
ColumnFK2 int
PRIMARY KEY (ColumnFK1, ColumnFK2)
)
Если таблица уже создана, вы можете изменить первичный ключ в Management Studio.