Много способов сделать это. Эффективным способом является открытие файла в режиме произвольного доступа с помощью open $fh, '+<'
:
my $first_byte = chr(14); # or whatever you want the first byte to be
open my $fh, '+<', $the_file;
seek $fh, 0, 0; # optional - cursor is originally set to 0
print $fh $first_byte; # could also use write or syswrite functions
close $fh;