Я полагаю, что большинство браузеров не различают файлы cookie для домена, заданного в заголовках HTTP, и файлы cookie, установленные javascript, когда дело доходит до их включения / отключения с помощью пользовательских настроек. Конечно, МОГУТ быть исключения - нет технических причин, препятствующих кому-либо расширять браузер, так что у него есть разные правила для файлов cookie, основанные именно на том, где файл cookie возник, - но я не знаю ни одного.
РЕДАКТИРОВАТЬ: Я думаю, что я изначально неправильно понял ваш вопрос - я думал, что вы спрашиваете разницу между куки, установленные через заголовки HTTP и куки, установленные через javascript. Скорее, вы спрашиваете, считается ли файл cookie, установленный javascript, который размещен в другом домене, сторонним файлом cookie, а не файлом cookie, который устанавливается javascript, непосредственно встроенным в страницу, или размещенным в том же домене? Если это так, то я считаю, что ответ - нет (то есть они рассматриваются как файлы cookie первого лица). Независимо от исходного домена, в котором размещен файл js, он выполняется в контексте веб-страницы, которая его включает, поэтому он считается первым.