Trac должен автоматически обнаруживать фрагменты, предполагая, что он установлен в том же экземпляре Python. Возможно, вы захотите взглянуть на doc , особенно на раздел mimeviewer в trac.ini, и убедиться, что все в порядке.
Два наиболее вероятных кандидата, о которых я могу подумать:
1) тип mime PHP не зарегистрирован должным образом или (что еще хуже) ваши файлы были переданы в svn со свойством svn svn:mime-type, установленным на text/plain (это происходило в большом проекте, но при сбросе mime свойство -type сработало (Trac использует расширение файла как запасной вариант, если VCS не сообщает mimetype).
2) Возможно, все работает, но стиль по умолчанию может работать неправильно. Попробуйте настроить стиль выделения либо на странице / prefs в вашем экземпляре Trac, либо с помощью параметра pygments_default_style в trac.ini.