Я бы сказал, очень трудно. PDF - это формат документа, который может содержать все виды вещей. CHM - это формат структурированной справочной документации. Поправьте меня, если я ошибаюсь, но я не думаю, что эти два смешиваются вообще, по крайней мере не так, как вы запускаете конвертер для файла и получаете готовый результат.
Что именно вы пытаетесь сделать?