Массивы в Java начинают индексирование с 0. Итак, в вашем примере вы ссылаетесь на элемент, который находится за пределами массива на единицу.
Вероятно, это должно быть что-то вроде freq [Global.iParameter [2] -1] = false;
Вам нужно было бы перебрать массив для инициализации всего этого, эта строка инициализирует только последний элемент.
На самом деле, я почти уверен, что для Java в булевых значениях по умолчанию используется значение false, поэтому вам вообще может не потребоваться инициализация.
С наилучшими пожеланиями