Необходимо различать процессы и потоки . Если вы создаете новый поток в процессе .NET, он будет использовать тот же процесс ... но это не то же самое, что использование исходного потока .
Пожалуйста, дайте больше подробностей о «встроенном классе .NET», который «кажется, не работает должным образом» - я подозреваю, что вы либо используете его неправильно, либо у вас неверные ожидания. По моему опыту, использование фоновых потоков в проектах .NET CF работает нормально.