.NET 1.1 и 2.0 не могут жить в одном и том же процессе, поэтому вы должны разделить их.
Поскольку вы говорите о w3wp.exe, похоже, вы используете Windows 2003 Server, что упростит задачу.
Убедитесь, что на вашем сервере есть два пула приложений.
Поместите приложение 1.1 в один пул, а веб-службу 2.0 - в другой.
Это создаст два процесса, и вы можете отлаживать их отдельно