Если вы создадите индекс Lucene, соответствующий каждой таблице, то 1) вам придется выполнить поиск по каждому индексу и 2) каким-то волшебным образом объединить результаты поиска. Lucene уже настроен на поиск документов по нескольким полям (см. MultiFieldQueryParser) и предоставляет вам унифицированный набор результатов.
Даже если после создания индекса вы решите, что время от времени будете искать только на основе данных, полученных из одной таблицы, вы можете просто использовать обычный QueryParser для поиска только соответствующего поля ваших документов.