Вы говорите, что «используете jQuery», но не говорите как. Вы пробовали «выделить» плагин (или, как вам кажется, вам нужен его производный)? Я использовал это: http://johannburkard.de/blog/programming/javascript/highlight-javascript-text-higlighting-jquery-plugin.html, и это не кажется мне медленным. Опять же, вам придется поработать над этим, чтобы добавить в него нужную разметку, но это должно быть достаточно ясно - она не очень большая.
Похоже, что вы хотели бы сделать для производительности, взять ваши регулярные выражения и объединить их в то, что составляет "токен грамматику". Другими словами, вы не хотите начинать с нуля с поиска каждого регулярного выражения по всему документу. Вместо этого вы захотите пройти через это с помощью регулярного выражения, которое соответствует каждой возможной цели (по одной, конечно, за раз), и каждый раз, когда она находит одну, вы заменяете ее на что угодно. Таким образом, вы можете сделать один проход по документу, независимо от его размера и количества шаблонов, которые вы ищете.
edit Плагин Mr. Burkard не позволяет выполнять поиск с помощью регулярных выражений; он использует "indexOf" внутри. Хм.