От версии к версии, база, да, насколько это возможно. Другими словами, 4.4.1 в Windows должен соответствовать стандарту c ++, как 4.4.1 в Linux (например). Но, насколько я знаю, никаких гарантий на это нет.
OTOH, две реализации будут работать одинаково? Почти наверняка нет - у нас недавно было несколько примеров различий. Но можете ли вы использовать реализации для переноса между Windows и Linux - да, я делаю это регулярно.