Есть ли конкретная причина, по которой вы хотите использовать Eclipse? Для новичка, вероятно, самый простой способ начать работу с C в Windows - это использовать бесплатную Microsoft Visual C ++ Express Edition . Это полноценная среда разработки со встроенным компилятором и отладчиком, и она может делать все, что вам может понадобиться для изучения C.
Хотя у вас есть Eclipse и Cygwin прямо сейчас, ни один из этих компонентов на самом деле не включает компилятор , если вы специально не загрузите их тоже. В этой среде вы должны вручную собрать части, прежде чем сможете скомпилировать и запустить свой код.