ИМХО, не стоит пытаться разделить таблицу между отношениями «многие ко многим». Вы не можете получить доступ к логическим флагам в этих таблицах, поэтому вы не можете изменить его с NH, за исключением использования собственного sql, который не так, как NHibernate должен использоваться. И будет очень очень очень сложно вносить изменения в эти сумки. Эти таблицы полностью невидимы для объектно-ориентированной точки зрения и полностью управляются NH.
Просто сопоставьте его с разными таблицами, и вы будете счастливы. Поверь мне.