Два сервера MySQL настроены одинаково? Оба позволяют доступ через сокеты TCP и / или локальные сокеты Unix-домена?
«Не удалось подключиться» предполагает, что JDBC не может даже добраться до сервера, чтобы попытаться войти в систему. Если вы подключаетесь через TCP, проверьте, существует ли правило брандмауэра, предотвращающее локальные подключения (localhost: * -> localhost : 3306 отказано). Для локальных сокетов убедитесь, что пользователь, под которым работает Tomcat, имеет доступ как к файлу сокета, так и к каталогу, в котором он находится (должен быть /var/run/mysqld/mysqld.sock).