HttpUtility.HtmlEncode кодирует только те символы, которые «зарезервированы» в HTML. Для этого списка см. Первую таблицу на этой странице: http://www.w3schools.com/tags/ref_entities.asp.
Другими словами, только те символы, которые могут конфликтовать с базовой структурой HTML (например, <,>, "и т. Д.). Никакие другие символы не должны кодироваться до тех пор, пока кодировка передается Байты идентифицированы правильно (например, с использованием и объявлением UTF-8).