Данные сеанса хранятся на вашем сервере. Ифрамы - это просто «страницы».
Если запросы на обе страницы обслуживаются одним сервером (или фермой в случае надлежащим образом настроенной среды с балансировкой нагрузки), запросы имеют доступ к одним и тем же данным сеанса.
При некоторых обстоятельствах вы можете столкнуться с временными проблемами; а именно, если вы задали некоторую переменную сеанса во время запроса для одной страницы, но другой iframe ожидает, что это значение уже будет установлено, у вас не будет того, что вы хотите.